Über die Entstehungszeit der Pfarrkirche St. Stephan gibt es keine Urkunden. Der Unterbau des Turms und des Langhauses lässt aber eine Erbauung im 13. Jahrhundert erkennen.
Erstmals wird 1425 Simon Landauer als Pfarrer von Gottfrieding urkundlich erwähnt. 43 Nachfolger hatte er bis heute.
Die Kirche veränderte oftmals ihr Aussehen. Bei Renovierungen und Erweiterungen floss der jeweilige Zeitgeist ein. Von 1730 bis 1877 hatte die Kirche sogar eine Kuppel. Ihr jetziges Aussehen erhielt die Kirche bei der Außenrenovierung 1988.
Bei der Innenrenovierung 1990 wurde der Altarraum neu gestaltet und die Sakristei außen angebaut. Das neue Gestühl bietet mehr Leuten Platz als vor der Renovierung. Der schlichte Innenraum, mit dem Hochaltar im neugotischen Stil, lädt zum Verweilen und meditieren ein.